Im Bahnhofsgebäude steht seit mehreren Jahren keine öffentliche Toilette zur Verfügung, um den Wunsch der Bürger aus Witzenhausen und der Nutzer des Bahnhofes nachzukommen haben die städtischen Gremien die Stadtverwaltung bzw. die Bauverwaltung beauftragt eine temporäre Lösung zu schaffen bis im Bahnhofsgebäude wieder eine Toilette zur Verfügung gestellt werden kann. Seit Oktober 2020 stand eine barrierefreie Dixi-Toilette auf der P+R-Anlage am Nordbahnhof. Da die Leerung und Reinigung am vorherigen Standort durch z.B. parkende PKWs immer schwieriger wurde, wurde in Zusammenarbeit mit der DB InfraGO AG und Firma Zeppelin neuer Standort gesucht. Der neue Standort der barrierefreien Dixi-Toilette befindet sich nun vorne im Bereich der Bushaltestelle und Fahrradabstellplätze.